新疆大学是一所具有悠久历史和光荣革命传统的学校，前身是创办于1924年的新疆俄文法政专门学校，1928年8月，改称为新疆省立俄文法政学校，1930年9月改为新疆俄文法政学院，1935年1月改建为新疆学院，1941年省建设厅农业学校并入新疆学院。1938年－1941年间，林基路、杜重远、茅盾、祁天民、张仲实、萨空了、史枚、高滔、江豪、涂冶、赵丹、郭春则等一批教育家、艺术家和进步人士，先后来学校担任领导、任教和讲学，学校名副其实地成为新疆传播革命真理的阵地和培养各族进步青年的摇篮。

1950年10月1日，新疆学院更名为新疆民族学院。1953年11月，西北民族学院畜牧系兽医班并入新疆民族学院。1954年复名为新疆学院。1960年10月1日,正式成立新疆大学。1962年新疆大学与新疆师范学院合并，1962年7月新疆大学机械、电机、工电等3个工科专业划入新疆矿冶学院。

1978年学校被国务院确定为新疆唯一的全国重点大学，1979年4月新疆大学由教师培训部、三平分校划出成立新疆师范大学，1997年列入国家“211工程”重点建设高校，2000年被确定为国家西部大开发重点建设大学。

新疆工学院前身是1953年1月成立的中苏有色金属公司矿山技术学校，1955年1月更名为重工业部乌鲁木齐矿业学校，1956年9月易名为冶金工业部乌鲁木齐矿业学校，1958年7月改名为新疆矿冶学院，1962年7月新疆大学机械、电机、工电等3个工科专业并入新疆矿冶学院，1966年5月更名为新疆工学院。

2000年10月20日，教育部批准了新疆大学和新疆工学院合并组建新的新疆大学。2000年12月30日，新疆大学与新疆工学院合并组建新的新疆大学。2004年，新疆大学被国家教育部正式纳入与新疆自治区人民政府“省部共建”高校。